RUNCMS обладает достаточно гибкой системой прав пользователей портала. Это позволяет разрешать или запрещать доступ в различные разделы сайта, делать для одних пользователей видимыми определенные блоки, а для других нет, давать доступ к администрированию отдельных модулей и т.д.
Общепортальная система прав реализуется через добавление каждого пользователя в определенную группу. Каждый пользователь портала может быть зачислен в группу с определенными правами и каждой группе может быть установлен набор прав. Права группы применяются ко всем пользователям, принадлежащим к данной группе.